Les chromosomes ont d'abord été observés chez les plantes en 1842 par Karl Wilhelm Von Nägeli. En 1905, Nettie Stevens identifie le chromosome Y en travaillant sur Tenebrio (un coléoptère), elle établit correctement la base chromosomique de la détermination du sexe. En 1921, Théophilus Shickel Painter fait la découverte du chromosome Y chez les mammifères. Ce n'est qu'en 1956 que le nombre de chromosomes de l'espèce humaine a été correctement établi à 46 par Tjio et Levan, à partir de cultures de tissus.