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Entre 1967 et 1970, la République du Biafra fut un Etat sécessionniste dans la partie sud-est du Nigeria, où se situe la plus importante réserve de pétrole de la région.

Le 30 mai 1967, Odumegwu Emeka Ojukwu déclara l'indépendance du Biafra qui marqua le début de la guerre civile. Parmi les raisons qui poussèrent à la sécession, l'ethnie Igbo, en majorité chrétienne et animiste, souhaitait s'affranchir de la tutelle fédérale des Haoussa, en majorité musulmans. Cette guerre politique, religieuse et ethnique s'acheva le 15 janvier 1970 avec la réintégration du Biafra au sein de la République du Nigeria. Le conflit et la famine, conséquence du blocus imposé par les troupes nigérianes, firent plus d'un million de morts.

La sécession du Biafra ne remit pas en cause les accords passés avec les compagnies pétrolières occidentales chargées de l'exploitation des réserves du pays. Le 6 juillet 1967, Shell, BP et American Overseas annoncèrent leur intention de payer directement le Biafra pour l'extraction de son pétrole. L'armée fédérale engagea alors les hostilités et prit peu à peu le contrôle des principales villes.

La Tanzanie, le Gabon, la Côte d'Ivoire, la Zambie et Haïti reconnurent la République du Biafra. Les Occidentaux soutinrent l'un ou l'autre des belligérants par des convois d'armes, de mercenaires et de conseillers militaires (dont le Français Bob Denard). Chez les Biafrais, le colonel Rolf Steiner constitua la légion noire qui remporta de nombreux succès. La France aida le Biafra de façon discrète, par l'envoi d'armes et de mercenaires, tandis que les Etats-Unis, l'Union soviétique et la Grande-Bretagne étaient du côté du Nigeria.

La guerre du Biafra a éclairé d'un jour nouveau les contradictions du système international. En effet, alors que les télévisions transmettaient des images insoutenables de la famine et des combats dans le pays, les Nations Unies n'étaient pas en mesure d'intervenir dans un conflit considéré comme intérieur au Nigeria. Le gouvernement du Nigeria refusa par ailleurs l'action de la Croix Rouge (l'armée nigérianne tira à plusieurs reprises sur des avions de la Croix-Rouge).

Après avoir été en mission sur le terrain, quelques médecins français, dont Bernard Kouchner, l'actuel ministre des Affaires étrangères français, fondèrent l'organisation Médecins sans frontières. Cette ONG ne se priva pas, au contraire du CICR, de dénoncer les crimes de guerre commis contre la population.

La guerre se déroula dans une certaine indifférence de l'opinion publique internationale jusqu'au milieu de l'année 1968, lorsque le Biafra, victime de la famine, accuse le Nigeria de génocide envers les Igbos. Le conflit est alors largement médiatisé, les télévisions favorisant une prise de conscience de la situation dans l'opinion publique.

Avec la chute de Port Harcourt, le 24 mai 1968, le Biafra se trouva définitivement privé d'un accès à l'océan Atlantique. La stratégie d'étouffement des poches de résistance par l'armée nigérianne conduisit à l'écrasement de la révolte. Le 15 janvier 1970, les derniers combats cessèrent et le Biafra réintégra le Nigeria.