Le microbiote

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Constitué de plus de 10’000 milliards de bactéries, le microbiote, ou plutôt les microbiotes - car nous en avons plusieurs à différents points clés de notre anatomie - agit comme une interface entre notre corps et l’extérieur. Le système digestif, les muqueuses, les poumons ou encore la peau, ont tous un microbiote associé qui leur permet d’assimiler ou d’éliminer les substances qui entrent en contact avec leur barrière de microorganismes.

Définition de ce qu’est le “microbiote” avec Marc-André Selosse, professeur au Muséum national d’histoire naturelle à Paris, et Jacques Schrenzel, chef du Laboratoire de bactériologie et de génomique des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG).

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Focus sur le microbiote intestinal et sur le rôle qu’il joue dans l’obésité mais aussi dans le déclin cognitif, de l’oubli anodin de ses clés à une forme plus grave de perte de mémoire: la maladie d’Alzheimer.

Avec Lorraine Ruffieux, post-doctorante à la Faculté de médecine de l’Université de Genève (UNIGE), et Claire Bertelli, professeure assistante à l’Institut de microbiologie du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) et de l’Université de Lausanne (UNIL).

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On ne le voit pas à l’oeil nu, mais notre peau grouille de bactéries et de microorganismes en tout genre. Ce microbiote cutané régule la santé de la peau, empêche celle-ci d’être colonisée par des pathogènes et soutient la fonction de la barrière épidermique en général.

Avec Jeremy Di Domizio, responsable des laboratoires de recherche du Service d’immuno-dermatologie du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV).

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Le microbiote du sol joue un rôle similaire à celui de notre propre microbiote: il contribue à la fertilité et à la santé de l'environnement dans lequel il se trouve. Riche en bactéries, champignons et amibes, il travaille discrètement mais efficacement à la décomposition de la matière organique pour libérer les nutriments essentiels aux plantes.

Cependant, les pratiques agricoles modernes, comme le labour, peuvent perturber ces communautés microbiennes, menaçant ainsi la fertilité à long terme des sols. D’où l'importance de développer des techniques agricoles plus douces qui respectent et maintiennent cette biodiversité microbienne essentielle.

Avec Marc-André Selosse, professeur au Muséum national d'histoire naturelle à Paris.

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Le concept de microbiote s'étend également aux animaux. Des recherches récentes ont identifié des bactéries auparavant inconnues chez plus de 180 espèces animales.

L’équipe du professeur Philipp Engel, de l'Université de Lausanne (UNIL), s’est intéressée au microbiote des abeilles en particulier. Leurs recherches ont pu démontré que, bien que moins complexe que celui de l’homme, le microbiote de ces insectes joue un rôle crucial dans leur digestion, leur protection contre les pathogènes et dans leur comportement social.

Explications avec Philipp Engel, professeur associé au Département de microbiologie fondamentale de l’UNIL.

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Le Centre de transplantation du microbiote intestinal de l'Université de Lausanne (UNIL), dirigé par Tatiana Galperine, joue un rôle crucial dans le traitement des infections sévères causées par la bactérie Clostridioides difficile. Ce centre, unique en Suisse, utilise des dons de selles transformés en médicaments pour restaurer le microbiote intestinal des patient.e.s infecté.e.s. Le processus montre des taux de réussite impressionnants, nettement supérieurs à ceux des traitements antibiotiques traditionnels.

La recherche actuelle explore encore l'efficacité de ce genre de “transplantation”, une méthode qui pourrait révolutionner la prévention de cette infection et aussi limiter les récidives. Les implications futures pour d'autres maladies liées au microbiote sont prometteuses, bien que complexes et encore à l'étude.

Avec Tatiana Galperine, responsable du Centre de transplantation du microbiote fécal au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV).

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Le microbiote humain, essentiel à notre santé, s’appauvrit de plus en plus. Cela est dû à nos modes de vie et à nos régimes alimentaires moins sains qu’auparavant, mais aussi aux changements environnementaux et aux crises sanitaires. Pour contrer cette menace, des scientifiques suisses ont lancé un projet ambitieux: créer une banque mondiale du microbiote. Leur initiative encore en phase pilote, baptisée “Microbiota Vault”, consiste à collecter et conserver des échantillons de selles de donneurs et donneuses sain.e.s du monde entier, afin de préserver la diversité des bactéries intestinales pour les générations futures.

Avec Pascale Vonaesch, professeure assistante en microbiologie à l’Université de Lausanne (UNIL).

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Les probiotiques sont des microorganismes - bactéries ou levures - qui, administrés en quantité adéquate, peuvent apporter des effets bénéfiques à notre intestin et à notre santé. Déjà utilisés dans des produits comme les yaourts, ils sont désormais étudiés pour leurs potentiels effets positifs dans le traitement de maladies telle que la maladie de Crohn ou dans des cas de sous-nutrition chronique de l’enfant.

Avec Philippe Langella, directeur de recherches INRAE, et François Leulier, directeur de recherches CNRS.