A l'heure actuelle, il existe un consensus entre les chercheurs pour considérer que la cause la plus fréquente de dyslexie chez l'enfant correspond à un trouble du traitement des sons de la parole. Les spécialistes discutent encore quant à la nature exacte de ce trouble, mais grosso modo, l'enfant dyslexique percevrait différemment les sons de la parole. Il s'agit d'un déficit subtile, qui n'a pas d'incidence pour la communication orale en situation habituelle. Ce déficit ne constituerait un problème pour l'enfant que lorsqu'il doit apprendre à lire et à écrire, et donc lorsqu'il doit faire correspondre les sons de la parole avec les lettres. Ceci requiert une bonne capacité d'analyse de la forme sonore des mots (qu'on appelle la conscience phonologique), et c'est précisément ce que l'enfant dyslexique a de la peine à effectuer. Il existe également un consensus quant au caractère génétique (héréditaire) de la dyslexie dans la majeure partie des cas. Les divers gènes impliqués jouent un rôle dans la mise en place des connexions entre neurones situés dans différentes parties du cerveau.
D'autres origines complémentaires possibles de la dyslexie développementale font l'objet de recherches actuellement, avec 2 hypothèses principales: celle d'un trouble visuel et celle d'un trouble "cérébelleux" (impliquant le cervelet). Les résultats de ces travaux sont toutefois assez peu consistants jusqu'à présent.