La découverte du microbiote, dénommée auparavant la "flore intestinale", est relativement ancienne. Depuis l’apparition du microscope au XVIIe siècle, nous savons que beaucoup de micro-organismes nous composent et qu’il y en a énormément dans nos intestins. Les fonctions connues de cette flore se sont élargies au cours du temps, avec les avancées de la science. Il est difficile d’attribuer un nom aux découvreurs du microbiote. Il s’agit plutôt d’une accumulation de connaissances de nombreux chercheurs pendant de longues décennies.

Les fonctions de protection, de digestion, de synthèse d’éléments essentiels comme la vitamine K par le microbiote sont connues depuis longtemps. Les avancées technologiques et scientifiques récentes ont toutefois permis de mettre en évidence de nouveaux rôles de notre microbiote. Celui-ci est directement impliqué dans le développement et la régulation du système immunitaire. Il est également en relation étroite avec notre système nerveux et joue un rôle dans sa mise en place. Ces nouvelles fonctions ont fait prendre une place très importante à notre microbiote qui est considéré maintenant comme un organe. Avec 10¹⁴ bactéries représentant une masse d’environ 1.5 kg, cet organe possède une activité métabolique similaire à celle du foie. Et, comme pour d’autres organes, des transplantations en sont possibles! Le microbiote d’un individu sain peut être transplanté à un patient ayant un dérèglement de son microbiote (transplantation fécale)… et ça marche!