Normalement les personnes qui travaillent pendant la nuit ne le font que pour une période limitée et suivant un régime de quarts rotatifs. Ceci peut entraîner plusieurs conséquences sur la physiologie, l’hygiène de vie et le bien-être général des sujets concernés. Tout d'abord, le changement d'un horaire de jour à un horaire de nuit perturbe notre horloge endogène, appelée l'horloge circadienne. Celle-ci influence quasiment tout notre comportement et toute notre physiologie. En particulier, elle synchronise les cycles d'éveil-sommeil et de métabolisme aux rythmes journaliers de luminosité-obscurité, qui sont eux-mêmes imposés par la rotation de la terre autour de son axe.
Etant donné que l'horloge circadienne ne peut compenser qu'une à deux heures de différence par jour, le changement soudain d’un régime de jour à un régime de nuit induit pendant quelques jours un conflit entre l’horloge endogène et le rythme d'activité. Ce phénomène est connu comme "jet-lag" par les voyageurs de longue distance vers l'ouest ou vers l’est.
En plus du fait de subir ces perturbations physiologiques causées par des facteurs endogènes, les travailleurs de nuit mènent souvent une vie peu saine. Par exemple, ils adoucissent leur activité nocturne en consommant plus (et plus fréquemment) de nourriture et en fumant des cigarettes. Des études médicales ont démontré que le problème de santé principal d’un régime de travail par quarts rotatifs à long terme est un surpoids et le risque associé d'un syndrome métabolique (y compris le diabète de type 2).
Certains travaux scientifiques médicaux ont également suggéré une faible augmentation des taux de certains cancers (p. ex. les cancers du côlon, des seins et du poumon) après des décennies de travail alternatif entre jour et nuit. Les indices d’une augmentation des taux de cancers sont toutefois moins probants que ceux démontrant le risque élevé de syndrome métabolique.
De toute façon, nous ne savons pas encore si ces risques de santé sont le résultat d'une perturbation du système circadien, de l'hygiène de vie, ou de la combinaison des deux.