A l’heure actuelle, de nombreux imams actifs en Suisse maîtrisent mal, voir ne parlent pas les langues nationales. De manière plus générale, ils méconnaissent souvent le cadre juridique, social et confessionnel dans lequel ils œuvrent.
Les lacunes linguistiques les empêchent de jouer un rôle d’intermédiaire avec la société suisse. Par ailleurs, elle altère leurs relations avec les fidèles de deuxième ou de troisième génération, souvent distancés de la langue de leur communauté d’origine.
Dans le cas des imams venant de Turquie, catégorie d’imams la plus rémunérée en Suisse, leur niveau linguistique et leur relative méconnaissance du système suisse s’expliquent par le caractère momentané de leur "mission".
La Turquie les envoie pour des périodes déterminées, en général de 5 ans. Le même constat est à faire avec les imams venant d’Albanie. Ces imams ont donc à peine le temps de s’acclimater, qu’ils doivent déjà partir. Il existe ainsi une forme de "décalage" entre les imams importés qui ne resteront pas longtemps en Suisse, et les musulmans suisses/ de Suisse.
La majorité des musulmans interrogés dans le cadre du PNR 58 est favorable à une formation des imams en Suisse. Ces derniers attendent de leurs imams de solides connaissances théologiques, mais aussi un esprit d’ouverture et de critique. Ainsi, les interprétations du Coran doivent être adaptées au contexte suisse, impliquant ainsi, de la part des religieux, une connaissance de l’actualité, de la politique, de la culture et de l’histoire suisse.
Dans cette perspective, le centre suisse Islam et société (CSIS) à Fribourg entend donner des clés de compréhension de la société suisse aux imams actifs en Suisse. Il ne s’agit pas de former des imams sur un plan théologique, mais de leur proposer des formations continues leur permettant d’articuler leurs bagages théologiques avec le contexte helvétique. Ces cursus ne sont pas réservés aux seuls imams, mais ouverts à toutes personnes actives dans une association musulmane souhaitant se familiariser avec le système juridique suisse, mais aussi aux aumôniers ou encore aux personnes exerçant une activité professionnelle les mettant en lien avec l’islam. Le Centre développera trois domaines de travail: la recherche, l’enseignement et la formation continue.
Au début de l’année 2015, l’UDC fribourgeoise a lancé une initiative contre le projet du CIS, estimant, entre autres, que l’Université de Fribourg doit conserver son héritage chrétien.