Alfred Cortot fut aussi un pédagogue réputé et recherché. Initiateur de la formule de la master classe, il a créé avec Auguste Mangeot l'École Normale de musique de Paris qui porte aujourd'hui son nom. Au nombre de ses élèves figurent quelques-uns des plus grands pianistes du XXe siècle, Clara Haskil, Samson François, Setrak, Yvonne Lefébure, Marcelle Meyer, Vlado Perlemuter, Thierry de Brunhoff, etc...
L'immense notoriété que le pianiste acquiert au cours de l’entre-deux guerres l’amène, à partir de 1940-41, à assurer plusieurs missions dans le cadre du Secrétariat Général des Beaux-Arts.
Après la guerre, il retrouve toute son audience de grand pianiste international, donnant entre 1945 et 1958 près de mille concerts dans le monde. En 1952, le Japon donne même son nom à l’une de ses îles – Cortoshima.
Alfred Cortot s’éteint le 15 juin 1962, à Lausanne.