"Toute la population semble paniquée et a pris la fuite pour tenter d'échapper à la mort" en l'espace de 48 heures, a déclaré le porte-parole du HCR, Babar Baloch, au cours d'un point de presse à Genève.
La ville de Rann est située à la frontière avec le Cameroun, qui lutte également contre le groupe djihadiste dans l'extrême nord de son territoire.
La panique a été déclenchée par le retrait dimanche des troupes camerounaises qui y avaient été déployées après l'attaque du 14 janvier, qui avait fait 14 morts. Boko Haram avait mis à sac une base de l'armée et mis le feu à la ville, où étaient réfugiés plus de 35'000 déplacés.
Pas de résistance face à Boko Haram
Lundi, les insurgés sont entrés dans la ville sans rencontrer de résistance, les soldats nigérians ayant décidé de se retirer à leur tour, anticipant une attaque de Boko Haram, selon plusieurs sources civiles.
"Les terroristes sont de retour à Rann. Ils sont arrivés hier", après le départ des soldats camerounais, a déclaré un milicien engagé aux côtés de l'armée contre Boko Haram.
Plusieurs sources humanitaires ont également confirmé l'occupation de la ville par les insurgés.
afp/ebz
Boko Haram frappe régulièrement la région
Boko Haram attaque régulièrement les bases militaires dans l'Etat de Borno (nord-est) depuis le mois de juillet, faisant des dizaines voire des centaines de morts.
L'insurrection djihadiste, qui a débuté dans le nord-est du Nigeria en 2009, a fait plus de 27'000 morts et provoqué une grave crise humanitaire.
A trois semaines du scrutin présidentiel au Nigeria, le bilan sécuritaire du président Muhammadu Buhari est très critiqué malgré les affirmations répétées selon lesquelles le groupe djihadiste est presque vaincu.
L'escalade des violences soulève en outre des questions sur la manière dont des élections peuvent être organisées dans ces zones touchées par les combats où plus d'1,8 million de personnes ne peuvent toujours pas regagner leur foyer.