Au total, 1,1 million de résidents étaient concernés par ces instructions d'évacuation. Mais seulement une minorité - environ 3000 - avaient rejoint des refuges jeudi matin dans la préfecture de Kagoshima, selon un décompte officiel.
Bien qu'il s'agisse d'ordres d'évacuation - l'avertissement le plus élevé que peuvent émettre les autorités - ils ne sont pas contraignants, et sont souvent ignorés par les habitants.
Des inondations et glissements de terrain ont eu lieu dans certaines zones, emportant des voitures et engloutissant une maison. Depuis le début de ces fortes pluies fin juin, deux personnes ont trouvé la mort.
"Si les averses torrentielles se poursuivent pendant plusieurs heures, nous risquons de devoir émettre notre niveau d'alerte maximum", signalant qu'une catastrophe est imminente, a averti l'agence de météorologie nationale mercredi.
Les intempéries devaient toucher le centre et l'est du Japon dans les jours à venir.
ats/cab
Lourd bilan en 2018
Début juillet 2018, plus de 200 personnes avaient péri dans des inondations de l'ouest du Japon, alors que les instructions d'évacuer avaient été émises trop tardivement et souvent pas respectées. Des quartiers entiers avaient disparu sous des coulées de boues ou submergés par les eaux.