Le rassemblement dans le quartier de Sisli, sur la rive occidentale du Bosphore, a débuté quelques heures après le placement en détention préventive de neuf salariés du journal et l'arrestation d'élus pro-kurdes.
La police turque a fait usage d'un canon à eau et de gaz lacrymogènes contre les manifestants près du siège du quotidien Cumhuriyet, dont plusieurs membres ont été placés en garde à vue samedi.
Les manifestants protestent aussi contre l'arrestation, vendredi, des deux co-présidents du Parti démocratique des peuples (HDP), Selhattin Demirtas et Figen Yuksekdag, et de plusieurs élus de ce parti pro-kurde, troisième force politique au parlement.
Accusés d'être liés au coup d'Etat du 15 juillet
Parmi les personnes arrêtées en début de semaine, se trouvent d'importants responsables du journal Cumhuriyet, comme son rédacteur en chef, un éditorialiste ou encore un dessinateur.
Ils sont accusés d'être liés à des rebelles kurdes et à la tentative de coup d'Etat du 15 juillet dernier. Au total, 13 dirigeants et journalistes avaient été arrêtés.
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Les autorités turques les accusent de délits commis au nom des séparatistes kurdes et du réseau du prédicateur Fethullah Gülen, qu'Ankara considère comme l'instigateur du coup d'Etat manqué du 15 juillet.
Cumhuriyet, principal quotidien d'opposition, avait assuré à ce moment-là qu'il lutterait "jusqu'au bout", dans un pays où la presse a été particulièrement visée par les purges menées depuis le putsch avorté de juillet.
Quinze quotidiens, magazines et agences de presse, basés pour la plupart dans le sud-est à majorité kurde, ont été fermés.
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agences/mre/kkub
Manifestations anti-Erdogan à Cologne, Paris et Zurich
Des milliers de manifestants ont également manifesté à l'étranger. En Allemagne, qui abrite la plus importante communauté kurde d'Europe, plusieurs milliers de manifestants ont défilé samedi à Cologne pour protester contre le président Erdogan après l'arrestation des responsables du HDP.
A Paris, ils étaient quelque 2000 manifestants, selon la police, beaucoup venus en famille, à défiler au centre de la capitale française derrière des banderoles clamant "Stop Erdogan, touchez pas à nos élus", ou encore "La Turquie bombarde, l'Europe reste silencieuse".
Près de mille Kurdes ont également manifesté samedi en ville de Zurich contre le président turc Tayyip Erdogan. Ils demandent la "fin de la dictature."