Parmi les victimes, 87 personnes sont déclarées décédées et 13 en état d'arrêt cardiaque et respiratoire.
Les précipitations entre vendredi et dimanche ont atteint des records en 93 points d'observation dans 14 préfectures.
"C'est une situation anormale", a insisté un responsable de l'agence météorologique, Yasushi Kajiwara, lors d'un point de presse dimanche.
Les pluies de la semaine dernière désormais font peu à peu place au soleil. Avec des températures prévues à plus de 30 degrés, les autorités craignent désormais des problèmes de santé liés à la chaleur dans les zones privées d'eau et d'électricité.
Coupures d'électricité et d'eau
Environ 12'700 clients étaient sans courant électrique lundi, ont indiqué les compagnies d'électricité alors que plusieurs dizaines de milliers de personnes étaient sans eau, selon les médias japonais.
Il s'agit d'une des plus graves catastrophes de ce genre ces dernières années au Japon, avec un nombre de victimes qui dépasse désormais celui enregistré lors de glissements de terrain à Hiroshima en 2014, avec 74 décès.
agences/mre