La Commission européenne proposait de renouveler son feu vert jusqu'à décembre 2033 après le rapport d'un régulateur européen estimant que le niveau de risque ne justifiait pas d'interdire la substance.
Lors d'un vote à huis clos des représentants des États membres dans le cadre d'un comité technique, la majorité qualifiée requise pour valider le texte - soit 15 États sur 27, représentant au moins 65% de la population européenne - n'a pas été atteinte, a annoncé l'exécutif européen.
Abstentions
Si nombre de pays du Sud et de l'Est soutiennent la réautorisation, l'Autriche et le Luxembourg avaient fait part de leur volonté de voter contre. La Belgique et les Pays-Bas avaient indiqué s'abstenir.
Enfin, conséquence des divisions de la coalition au pouvoir à Berlin, l'Allemagne s'est abstenue, tout comme la France, insatisfaite de la proposition de Bruxelles.
Première puissance agricole de l'UE, la France plaide pour que sa démarche soit "harmonisée au niveau européen" pour éviter toute concurrence déloyale.
Bruxelles avait amendé sa proposition, notamment en réduisant "la dose maximale par hectare, mais cela ne suffit pas. La proposition est toujours moins disante par rapport aux mesures mises en place en France", a souligné le ministre de la Transition écologique Christophe Béchu.
Pas de majorité suffisante
L'autorisation actuelle du glyphosate dans l'UE, renouvelée en 2017 pour cinq ans puis étendue d'une année supplémentaire, expire le 15 décembre.
Si aucune majorité qualifiée en faveur du texte ne se dégage vendredi, un autre vote interviendra autour de mi-novembre. D'ici là, la Commission peut modifier sa proposition à tout moment.
Mais s'il n'y a toujours pas de majorité suffisante pour la soutenir, l'exécutif européen pourra alors décider seul de prolonger l'autorisation - seule une majorité qualifiée d'États opposés au texte pouvant permettre de le bloquer.
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Garde-fous
Le glyphosate, substance active de plusieurs herbicides - dont le Roundup de Monsanto, très largement utilisé dans le monde - avait été classé en 2015 comme "cancérogène probable" par le Centre international de recherche sur le cancer de l'Organisation mondiale de la santé.
A l'inverse, en juillet, l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a indiqué n'avoir pas identifié de "domaine de préoccupation critique" chez les humains, les animaux et l'environnement susceptible d'empêcher l'autorisation de l'herbicide, tout en reconnaissant un manque de données.
Bruxelles propose quelques garde-fous, notamment avec l'établissement "par défaut" de "bandes-tampons" et des équipements réduisant les "dérives de pulvérisation", tandis que l'usage pour la dessiccation (épandage pour sécher une culture avant récolte) serait interdit.
Si la substance active est approuvée au niveau de l'UE, chaque Etat reste chargé d'autoriser les produits contenant du glyphosate, en fixant les règles d'utilisation selon les cultures, conditions climatiques et spécificités géographiques -- et peut donc adopter des restrictions selon les effets potentiels sur l'environnement et la biodiversité.
afp/hkr