Cavendish a devancé l'Italien Elia Viviani, déjà deuxième samedi dernier à Naples, et l'Australien Matt Goss.
Une chute massive a coupé le peloton au premier passage sur la ligne, à 33 kilomètres de l'arrivée. Le premier peloton a ralenti ensuite pour attendre les coureurs retardés, parmi lesquels le Britannique Bradley Wiggins et l'Italien Vincenzo Nibali.
Après la jonction effectuée à 22 kilomètres de l'arrivée, aucune attaque n'a pu aboutir sur le circuit contournant les plus grandes salines d'Europe.
12e succès sur le Giro
Cavendish, qui est né sur l'île de Man voici 27 ans, a enlevé sa 9e victoire de la saison, sa deuxième depuis le départ du Giro après son sprint victorieux de Naples samedi dernier en ouverture de la course.
Le champion du monde 2011 compte désormais 12 succès d'étape dans le Tour d'Italie.
Vendredi, la 7e étape, longue de 177 kilomètres entre Marina di San Salvo à Pescara, comporte quatre ascensions, courtes mais pentues, la dernière à 7,4 kilomètres de l'arrivée.
afp/fayet
6e étape, Mola di Bari-Margherita di Savoia (154 km)
1. Mark Cavendish GBR 3h56'03"
2. Elia Viviani ITA + 0"
3. Matthew Goss AUS 0"
39. Steve Morabito SUI 0"
66. Danilo Wyss SUI 0"
Giro, classement (09.05)
1. Luca Paolini ITA 23h52'42"
2. Rigoberto Uran COL + 17"
3. Benat Intxausti ESP 26"
4. Vincenzo Nibali ITA 31"
5. Ryder Hesjedal CAN 34"
28. Steve Morabito SUI 1'49"
74. Danilo Wyss SUI 13'57"