L'Argentin de Fluminense German Cano a ouvert la marque à la 36e minute, son 13e but dans cette Copa Libertadores, en reprenant au point de penalty un centre de la droite de Keno.
Le latéral droit péruvien Luis Advincula a égalisé à la 73e d'un superbe tir enroulé du gauche depuis l'extérieur de la surface, puis John Kennedy a marqué le but de la victoire brésilienne en prolongation (99e) avant d'être exclu pour avoir trop fêté son but avec les supporters.
Fluminense a également terminé à dix après l'exclusion du défenseur colombien Frank Fabra pour avoir mis une gifle à Nino (105e).
6 victoires et 6 défaites pour Boca
Fluminense succède à un autre club brésilien, son grand rival de Flamengo, vainqueur l'an dernier de l'Atlético Paranaense 1-0. Le club carioca avait perdu aux tirs au but son unique finale en 2008 face au club équatorien du LDU Quito.
Boca Juniors en était pour sa part à sa douzième finale, avec six victoires et désormais autant de défaites, à un succès du record détenu un autre club argentin, l'Independiente (7 victoires en 7 finales).
ats/adav